diffusion.Diffusion Member List

This is the complete list of members for diffusion.Diffusion, including all inherited members.

__init__(self, inputfile=None, box=True, r_Li=0, d_P=2.5, d_S=2, sign_var=-1, grid_size=22, axes=[0, 1], dim=3, simply_connected_top_bottom=False, swap_res_grid_and_balls=False, close_loops_with_boundary_conditions=False, z_axis_boundaries=True, simplify_grid_with_triangles=True, cut_paths_until_A_0=True, a=1, b=0.5, c=0.1, K_graph=1, MP=True, verbose=False)	diffusion.Diffusion
A	diffusion.Diffusion
a	diffusion.Diffusion
A_0	diffusion.Diffusion
A_0_to_res	diffusion.Diffusion
A_1	diffusion.Diffusion
A_1_to_res	diffusion.Diffusion
A_red	diffusion.Diffusion
aux	diffusion.Diffusion	static
axes	diffusion.Diffusion
B	diffusion.Diffusion
b	diffusion.Diffusion
B_red	diffusion.Diffusion
balls	diffusion.Diffusion
balls_centres	diffusion.Diffusion	static
balls_radii	diffusion.Diffusion	static
build_graph(self, E, emb, fun)	diffusion.Diffusion
c	diffusion.Diffusion	static
chain	diffusion.Diffusion	static
check_cluster(self, n_clus, n=5, plot=False)	diffusion.Diffusion
check_lithium_paths(self, n=5)	diffusion.Diffusion
check_lithium_ranges(self, plot=True)	diffusion.Diffusion
close_loops_with_boundary_conditions	diffusion.Diffusion
cluster_deadlocks(self, PATHS)	diffusion.Diffusion
cluster_paths(self, save=False)	diffusion.Diffusion
CLUSTERS	diffusion.Diffusion
compute_vector_field_penalties(self, v_=np.array([0, 0, 1]))	diffusion.Diffusion
cubic_to_res	diffusion.Diffusion
cut_paths_until_A_0	diffusion.Diffusion
cut_until_A_0(self, path)	diffusion.Diffusion
D	diffusion.Diffusion
D_force_graph	diffusion.Diffusion
d_Li	diffusion.Diffusion
d_P	diffusion.Diffusion
d_S	diffusion.Diffusion
d_x	diffusion.Diffusion
d_y	diffusion.Diffusion
d_z	diffusion.Diffusion
DEADLOCKS	diffusion.Diffusion
dim	diffusion.Diffusion
direction	diffusion.Diffusion
e	diffusion.Diffusion	static
edge_idxs	diffusion.Diffusion
eps	diffusion.Diffusion
equivalence(self, v_path)	diffusion.Diffusion
equivalence_wrapper(self, loop)	diffusion.Diffusion
estimate_atoms_min_distances(self, n=10)	diffusion.Diffusion
fill_loop(self, idxs_list, BOUNDARY_MAT=None, RED_MAT=None, V_MAT=None, find_chain=False, plot=False)	diffusion.Diffusion
fill_loop_on_slice(self, paths, z_l, z_u, plot=True, FIG=None)	diffusion.Diffusion
geod	diffusion.Diffusion
geod_A_0	diffusion.Diffusion
geod_A_1	diffusion.Diffusion
GF	diffusion.Diffusion
grad_pen	diffusion.Diffusion
grid	diffusion.Diffusion
grid_size	diffusion.Diffusion
grid_to_res_grid	diffusion.Diffusion
idxs	diffusion.Diffusion
idxs_A_0	diffusion.Diffusion
idxs_A_1	diffusion.Diffusion
idxs_to_edge	diffusion.Diffusion
inputfile	diffusion.Diffusion
ITRIS	diffusion.Diffusion
K_graph	diffusion.Diffusion
Li	diffusion.Diffusion
linestyle	diffusion.Diffusion	static
linewidth	diffusion.Diffusion	static
M	diffusion.Diffusion	static
m	diffusion.Diffusion	static
M_x	diffusion.Diffusion
m_x	diffusion.Diffusion
M_y	diffusion.Diffusion
m_y	diffusion.Diffusion
M_z	diffusion.Diffusion	static
m_z	diffusion.Diffusion	static
make_boundary_matrix_from_paths(self, BOUNDARY_PATHS, add_top_bottom=False)	diffusion.Diffusion
make_cubic_to_res(self, cubic_grid)	diffusion.Diffusion
make_edges(self)	diffusion.Diffusion
make_markov_chain_matrix(self, eps_=1)	diffusion.Diffusion
make_N(self)	diffusion.Diffusion
make_overlapping_summary(self, paths, step=1, plot=True, plot_steps=False)	diffusion.Diffusion
make_triangulation(self)	diffusion.Diffusion
MP	diffusion.Diffusion
N	diffusion.Diffusion
n	diffusion.Diffusion
N_1	diffusion.Diffusion
N_2	diffusion.Diffusion
network_plot_3D(self, G, fun)	diffusion.Diffusion
nx	diffusion.Diffusion
ny	diffusion.Diffusion
nz	diffusion.Diffusion
P	diffusion.Diffusion
PATHS	diffusion.Diffusion
pivot_cols	diffusion.Diffusion
plot_balls(self)	diffusion.Diffusion
plot_path(self, path)	diffusion.Diffusion
plot_paths_clustered(self, min_len=5, k=0, aggregate=True)	diffusion.Diffusion
plot_pts(self, pts)	diffusion.Diffusion
plot_results(self, min_len=5, k=0, aggregate=False)	diffusion.Diffusion
plot_triangulation(self, axis=-1)	diffusion.Diffusion
plot_triangulation_and_paths(self, LIST, axis=-1, k=0.1)	diffusion.Diffusion
plot_vector_field(self, axis=1)	diffusion.Diffusion
plot_voids(self)	diffusion.Diffusion
preprocess_path(self, path)	diffusion.Diffusion
produce_fobidden_region(self, balls_centres_=None, balls_radii_=None, M_=None, m_=None)	diffusion.Diffusion
produce_res_grid(self, balls_centres_=None, balls_radii_=None, M_=None, m_=None)	diffusion.Diffusion
proj_lithium_paths(self, LIST, plot=True)	diffusion.Diffusion
prova(self, paths, BOUNDARY_MAT=None, RED_MAT=None, V_MAT=None, verbose=False)	diffusion.Diffusion
r_graph	diffusion.Diffusion
r_graph_aux	diffusion.Diffusion
r_Li	diffusion.Diffusion
r_P	diffusion.Diffusion
r_S	diffusion.Diffusion
random_simplification_wrapper(self, path, n=20, verbose=False)	diffusion.Diffusion
random_simplification_wrapper_MP(self, LIST)	diffusion.Diffusion
rank	diffusion.Diffusion
rank_A	diffusion.Diffusion
reduce_boundary_mat(self)	diffusion.Diffusion
REEB_GRAPH	diffusion.Diffusion
reeb_graph(self, grid, axis=-1, D_=None)	diffusion.Diffusion
reeb_graph_balls(self, axis=-1, plot=True)	diffusion.Diffusion
reeb_graph_voids(self, axis=-1, plot=True)	diffusion.Diffusion
repulsion	diffusion.Diffusion
res_grid	diffusion.Diffusion
res_to_A_0	diffusion.Diffusion
res_to_A_1	diffusion.Diffusion
run_A_0_to_A_1_diffusion(self, n_paths=200, save=False, folder_path='/Users/ye72al/Library/Mobile Documents/com~apple~CloudDocs/Glass_TDA/')	diffusion.Diffusion
S	diffusion.Diffusion
sample_diffusion(self)	diffusion.Diffusion
setup_geodesics_and_boundaries(self)	diffusion.Diffusion
setup_triangulation(self, balls_centres_=None, balls_radii_=None, M_=None, m_=None)	diffusion.Diffusion
sign_var	diffusion.Diffusion
simplify_deadlocks_with_homology(self)	diffusion.Diffusion
simplify_grid_with_triangles	diffusion.Diffusion
simplify_path_with_homology(self, path)	diffusion.Diffusion
simplify_paths_with_homology(self, n=100, random=False)	diffusion.Diffusion
simply_connected_top_bottom	diffusion.Diffusion
swap_res_grid_and_balls	diffusion.Diffusion
traslate_box(self, coords, v_=None)	diffusion.Diffusion
tri	diffusion.Diffusion	static
V	diffusion.Diffusion
v	diffusion.Diffusion
V_	diffusion.Diffusion
verbose	diffusion.Diffusion
vtx	diffusion.Diffusion	static
x	diffusion.Diffusion
y	diffusion.Diffusion
z	diffusion.Diffusion
z_0	diffusion.Diffusion
z_1	diffusion.Diffusion
z_axis_boundaries	diffusion.Diffusion