Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- _ -

• __init__() : diffusion.Diffusion, reeb_graph.Reeb_Graph

- a -

• affine_transform() : reeb_graph.Reeb_Graph

- b -

• build_graph() : diffusion.Diffusion, reeb_graph.Reeb_Graph

- c -

• check_cluster() : diffusion.Diffusion
• check_lithium_paths() : diffusion.Diffusion
• check_lithium_ranges() : diffusion.Diffusion
• cluster_deadlocks() : diffusion.Diffusion
• cluster_paths() : diffusion.Diffusion
• compute_bottlenecks() : reeb_graph.Reeb_Graph
• compute_max_flow() : reeb_graph.Reeb_Graph
• compute_sorrounding_structure() : reeb_graph.Reeb_Graph
• compute_tunnels() : reeb_graph.Reeb_Graph
• compute_vector_field_penalties() : diffusion.Diffusion
• cut_until_A_0() : diffusion.Diffusion

- e -

• equivalence() : diffusion.Diffusion
• equivalence_wrapper() : diffusion.Diffusion
• estimate_atoms_min_distances() : diffusion.Diffusion

- f -

• fill_loop() : diffusion.Diffusion
• fill_loop_on_slice() : diffusion.Diffusion

- m -

• make_boundary_matrix_from_paths() : diffusion.Diffusion
• make_cubic_to_res() : diffusion.Diffusion
• make_edges() : diffusion.Diffusion
• make_markov_chain_matrix() : diffusion.Diffusion
• make_N() : diffusion.Diffusion
• make_overlapping_summary() : diffusion.Diffusion
• make_reeb_graph() : reeb_graph.Reeb_Graph
• make_triangulation() : diffusion.Diffusion
• make_tunnel_matrix() : reeb_graph.Reeb_Graph

- n -

• network_plot_3D() : diffusion.Diffusion, reeb_graph.Reeb_Graph

- p -

• plot_balls() : diffusion.Diffusion
• plot_path() : diffusion.Diffusion
• plot_path_connected_comp() : reeb_graph.Reeb_Graph
• plot_paths_clustered() : diffusion.Diffusion
• plot_pts() : diffusion.Diffusion
• plot_reeb() : reeb_graph.Reeb_Graph
• plot_res_grid() : reeb_graph.Reeb_Graph
• plot_results() : diffusion.Diffusion
• plot_triangulation() : diffusion.Diffusion
• plot_triangulation_and_paths() : diffusion.Diffusion
• plot_tunnel() : reeb_graph.Reeb_Graph
• plot_vector_field() : diffusion.Diffusion
• plot_voids() : diffusion.Diffusion
• preprocess_path() : diffusion.Diffusion
• produce_fobidden_region() : diffusion.Diffusion
• produce_res_grid() : diffusion.Diffusion, reeb_graph.Reeb_Graph
• proj_lithium_paths() : diffusion.Diffusion
• prova() : diffusion.Diffusion

- r -

• random_simplification_wrapper() : diffusion.Diffusion
• random_simplification_wrapper_MP() : diffusion.Diffusion
• reduce_boundary_mat() : diffusion.Diffusion
• reeb_graph() : diffusion.Diffusion, reeb_graph.Reeb_Graph
• reeb_graph_balls() : diffusion.Diffusion
• reeb_graph_old() : reeb_graph.Reeb_Graph
• reeb_graph_voids() : diffusion.Diffusion
• run_A_0_to_A_1_diffusion() : diffusion.Diffusion

- s -

• sample_diffusion() : diffusion.Diffusion
• setup_geodesics_and_boundaries() : diffusion.Diffusion
• setup_grid() : reeb_graph.Reeb_Graph
• setup_triangulation() : diffusion.Diffusion
• simplify_deadlocks_with_homology() : diffusion.Diffusion
• simplify_path_with_homology() : diffusion.Diffusion
• simplify_paths_with_homology() : diffusion.Diffusion

- t -

• transform_backbone() : reeb_graph.Reeb_Graph
• traslate_box() : diffusion.Diffusion