Here is a list of all namespace functions with links to the namespace documentation for each function:

- a -

• append_tr() : diffusion_utils
• aux_fn() : diffusion_utils

- c -

• calculate_APF() : toma_functions
• canonical_matrix_grid() : reeb_aux
• check_params() : toma_functions
• check_tr() : diffusion_utils
• circular_max_flow() : reeb_aux
• clean_Li() : diffusion_utils
• close_deadlocks() : diffusion_utils
• close_paths() : diffusion_utils
• close_paths_A_0_A_1() : diffusion_utils
• close_paths_boundary_conditions() : diffusion_utils
• cluster_deadlocks() : diffusion_utils
• compute() : toma_functions
• compute_all() : diffusion_utils
• compute_direction() : diffusion_utils
• compute_penalties() : diffusion_utils
• compute_repulsion() : diffusion_utils
• connect_lvl_sets_aux() : reeb_aux
• construct_pair() : cobordisms
• convert_index_diagram() : cobordisms
• convert_simps_to_oineus() : toma_functions
• convert_vertices() : cobordisms
• copyright() : info
• cut_path_from_bottom() : diffusion_utils
• cut_path_from_top() : diffusion_utils

- d -

• d_phi_generator() : cobordisms
• dim_compare() : cobordisms
• dist_from_pts_periodic_boundaries() : diffusion_utils
• dist_from_pts_periodic_boundaries_numba() : reeb_aux
• dist_from_pts_periodic_boundaries_numba_print() : reeb_aux
• dist_from_pts_periodic_boundaries_pool() : reeb_aux
• dist_periodic_boundaries() : diffusion_utils

- e -

• equivalence() : diffusion_utils
• estimate_radius() : reeb_aux

- f -

• find_births() : cobordisms
• find_geod() : diffusion_utils
• find_geod_wrap() : diffusion_utils
• flow_to_fmean_dist() : reeb_aux
• frechet_mean() : reeb_aux
• frechet_mean_numba() : reeb_aux

- g -

• generate_display() : toma_functions
• generate_permutation() : cobordisms
• generate_permutation_AB() : cobordisms
• generate_plots() : toma_functions
• generate_visulisation_df() : toma_functions
• get_0_and_1_cycles() : toma_functions
• get_box_from_cell() : diffusion_utils
• get_cmap() : diffusion_utils
• get_neighbour_cells() : toma_functions
• get_representative_loops() : toma_functions
• grad_r2() : diffusion_utils
• gramschmidt() : reeb_aux

- h -

• homological_simplification_of_path() : diffusion_utils
• homological_simplification_of_path_pts() : diffusion_utils

- j -

• join_points_boundary_conditions() : diffusion_utils

- l -

• Li_to_backbone_dist() : reeb_aux
• license() : info
• load_computation_settings() : toma_functions
• load_configuration_settings() : toma_functions
• loop_composition() : toma_functions

- m -

• make_cubic_to_res() : reeb_aux
• make_geodesics() : diffusion_utils
• make_graph() : reeb_aux
• make_graph_fast() : reeb_aux
• make_neigh() : reeb_aux
• make_neigh_() : reeb_aux
• match_graphs() : reeb_aux
• match_grids() : reeb_aux
• match_points_index() : cobordisms

- n -

• name_bold() : info
• numba_dist() : reeb_aux
• numba_dist_print() : reeb_aux

- o -

• oineus_compare() : toma_functions
• oineus_filtration() : toma_functions
• oineus_kernel_image_cokernel() : toma_functions
• oineus_pair() : toma_functions
• oineus_process() : toma_functions
• out_to_atoms() : diffusion_utils

- p -

• path_to_vec() : diffusion_utils
• plot_APF() : toma_functions
• plot_APFs() : toma_functions
• plot_kernel_image_cokernel_PD() : toma_functions
• plot_PD() : toma_functions
• plot_PDs() : toma_functions
• point_cloud_frechet_mean() : reeb_aux
• point_cloud_frechet_mean_numba() : reeb_aux
• preprocess_ions() : reeb_aux
• preprocess_PATHS() : reeb_aux
• procustes_mean() : reeb_aux
• project_path() : diffusion_utils
• project_path_periodic() : diffusion_utils
• project_timeseries_array() : diffusion_utils

- r -

• r_squared() : diffusion_utils
• rank_mod_p() : diffusion_utils
• read_computation_settings() : toma_functions
• read_configuration() : toma_functions
• read_oineus_settings() : toma_functions
• read_sample() : toma_functions
• row_reduce_matrix() : diffusion_utils
• rref_d_phi() : cobordisms

- s -

• safe_dist_from_pts_periodic_boundaries_numba() : reeb_aux
• safe_flow_to_fmean_dist() : reeb_aux
• safe_point_cloud_frechet_mean_numba() : reeb_aux
• sample_all_diffusion() : toma_functions
• sample_at() : toma_functions
• sample_matrix_grid() : reeb_aux
• sample_path() : diffusion_utils
• save_dgms_as_csv() : toma_functions
• save_paths() : diffusion_utils
• save_plots() : toma_functions
• simplify_path() : diffusion_utils
• smooth_path() : diffusion_utils
• solve_linear_system() : diffusion_utils
• solve_linear_system_with_boundary() : diffusion_utils
• sphere_sample() : reeb_aux
• sub_complex() : toma_functions

- t -

• test() : toma_functions
• thread_safe_numba_call() : reeb_aux
• translate_column() : cobordisms

- w -

• weighted_alpha_diode() : toma_functions
• write_dgm_csv() : toma_functions